- 民國88年余政光校長退休,教育部指派教務長陳豐村教授擔任代理校長。
- 民國88年林見昌教授擔任本校校長。
- 民國89年增設資訊管理系。
- 民國90年增設應用外語系。
- 民國91年增設資訊工程系、財務金融系、光電與材料科技研究所、動力機械研究所。
- 民國92年增設企業管理系、生物科技。
- 民國93年增設多媒體設計系、休閒事業經營系、工業工程與管理研究所、資訊管理系碩士班。
- 民國93年奉准改名「國立虎尾科技大學」,同年並成立文理、工程、電資、管理等四個學院。
- 民國93年成立機械與機電工程研究所。
- 民國94年增設電子工程系、電機工程系碩士班、光電研究所博士班。
- 民國94年林見昌校長任期屆滿,教育部核定教務長蔡永利教授擔任代理校長。
- 民國95年林振德教授擔任本校校長。
- 民國95年增設材料科學與綠色能源工程研究所、經營管理研究所;機械製造工程系改名為「機械與電腦輔助工程系」;共同科與教育學程中心合併為「通識教育中心」。
- 民國96年增設航空與電子科技研究所、創意工程與精密科技研究所;休閒事業經營系改名為「休閒遊憩系」。
- 民國97年增設資訊工程系碩士班、自動化工程系碩士班、生物科技系碩士班。
- 民國98年增設機械設計工程系碩士班、休閒遊憩系碩士班。
- 民國99年增設電子工程系碩士班、車輛工程系碩士班。
- 民國100年增設財務金融系碩士班。
- 民國100年9月獲行政院同意設置新校區,籌備處於10月25日揭牌。
- 民國101年3月行政院同意撥用土地17.181公頃,在虎尾高鐵特定區建設新校區。
- 民國102年4月獲教育部發展典範科技大學計畫補助。
- 民國102年8月覺文郁教授擔任本校校長。
- 民國107年獲教育部高教深耕計畫補助。重啟五專部,設立精密機械工程科。
- 民國108年獲教育部優化技職校院實作環境計畫補助。增設農業科技系、二年制電子工程科。
- 民國109年增設五專部資訊工程科。
- 民國110年8月張信良教授擔任本校校長。
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